Trầm Bê có vợ là Viên Đông Anh. Hai ông bà có ba người con là Trầm Trọng Ngân, Trầm Thuyết Kiều và Trầm Khải Hòa. Họ hiện đang nắm giữ những vị trí quan trọng trong các công ty mà ông đã tham gia đầu tư.[2]

Trầm Trọng Ngân, con trai trưởng Trầm Bê, Tổng Giám đốc của Công ty Sơn Sơn, Phó Chủ tịch Hội đồng quản trị Sacombank. Khối lượng cổ phiếu Ngân hàng thương mại cổ phần Sài Gòn Thương Tín (Sacombank - mã HoSE: STB) mà Trầm Trọng Ngân nắm giữ là 40 triệu đơn vị, chiếm 4,11% vốn điều lệ của STB [10]. Năm 2005 Trầm Trọng Ngân từng bị băng nhóm Bình "kiểm" bắt cóc đòi tiền chuộc 10 triệu USD [11]. Ra tòa Bình kiểm trả lời vì biết rõ ông Bê rất giàu nên tổ chức vụ bắt cóc đòi tiền chuộc nhiều nhất Việt Nam từ xưa đến nay

Trầm Thuyết Kiều (sinh 1983) hiện nắm gần 10% cổ phần và là Phó Tổng giám đốc Khối khách hàng tổ chức Ngân hàng Phương Nam. Trầm Thuyết Kiều cũng là Phó Tổng Giám đốc Công ty Vàng bạc đá quý Phương Nam (NJC) [2]. Tính đến tháng 9 năm 2011 Trầm Thuyết Kiều nắm giữ 7,36% cổ phần ngân hàng này [2]. Năm 2008, trên cương vị là Phó Chủ tịch NJC, Trầm Bê đưa Trầm Thuyết Kiều (sở hữu 11% cổ phần) lên nắm giữ chức Phó tổng Giám đốc.[2]

Trầm Khải Hòa (sinh 1988) là con trai út của Trầm Bê, Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty chứng khoán Phương Nam, thành viên Hội đồng Quản trị Sacombank (từ tháng 5 năm 2012). Ngày 20 tháng 9 năm 2012, Ủy ban chứng khoán Nhà nước xử phạt vi phạm hành chính đối với Trầm Khải Hòa và Công ty chứng khoán Phương Nam vì đã mua 540 000 cổ phiếu của Sacombank từ ngày 15 tháng 6 đến ngày 22 tháng 6 năm 2012 mà không báo cáo theo quy định.[12].